PDA

Bekijk Volledige Versie : Fantasie benamingen in de genetica



wessellouw
15-11-2007, 15:42
Hallo Lieven:

>>Een beetje zwanger of halfzwanger, dat is bij de meeste vrouwen helemaal zwanger.... Een beetje dominant is aldus dominant, zonder meer.>>

Een populistische benadering maar daarom nog niet de juiste.
“Wel of niet zwanger” en “een beetje zwanger” kan niet, “
“Wel of niet vererven” en “een beetje vererven (intermediar)” kan wel?
Op zijn minst vreemd.

Heel summier een beetje biologie.
Eerst en vooral: bewust verre van volledig gehouden om het niet al te moeilijk te maken.

Een lichaam is opgebouwd uit cellen.
Genetische eigenschappen beviden zich in of op chromosomen in de cel kern.
Chromosomen komen voor in identieke paren (één uitzondering: Z / W).
Een paar is twee.
Ieder gen (of factor of eigenschap) heeft een bepaald locus (vrij vertaald: locus = adres) op een chromosoom.
Er zijn dus twee loci (mv. van locus) beschikbaar per gen.
Een gen bestaat in principe dan ook uit twee identieke alleles.

Afgezien van geslachtsgebonden of autosomaal:
een kleurmutatie kan (volledig) dominant zijn dan wel incompleet dominant dan wel co-dominant.

Groen, gemakshalve gebruikt voor de wildkleur is geen gen, maar de genetische toestand waarbij niets gemuteerd is.

Elke mutant die met slechts één gemuteerd allele “groen” wijzigt is dominant.
Maar die dominantie door dat éne allele kan totaal zijn
(voorbeelden grijs, bont: geen phenotypisch verschil tussen SF en DF grijs of SF en DF bont)
dan wel slechts gedeeltelijk
(voorbeelden: donkerfactor, gezoomd: een duidelijk phenotypisch verschil tussen D en D D of SF gezoomd en DF gezoomd).

In de eerste twee voorbeelden is de mutatie (volledig) dominant
In de twee laatste twee onvolledig c.q. incompleet dominant.

We weten ook dat een recessief allele twee maal aanwezig moet zijn om groen te veranderen.
Bijvoorbeeld: 1 x pastel + 1 x “niet gemuteerd in pastel” is groen/pastel maar 2 x pastel is visueel pastel groen.

Echter: 1 x pastel + 1 x ino geeft PastelIno groen.
Twee verschillende recessieve alleles blijken dus ineens wél groen te kunnen domineren.
Welke dominantie?
Volledig? Nee, 1 recessief allele afzonderlijk heeft geen invloed op groen.
Incompleet dominant? Nee, als boven.

Samenwerkend of mooi gezegd cooperatief? Ja.
Hallelujah: hier past de term co-dominant.

>>En wanneer de ene entiteit als dominant tegenover de andere bestaat, is die andere altijd ondergeschikt.>>
Entiteit heeft: volgens van Dale's Groot Woordenboek der Nederlandse taal als tweedee betekenis: eenheid.
Leuk bedacht: maar niet dóórdacht: het gaat niet over één entiteit tegenover een tweede maar over twee entiteiten samen tegen een derde.

Groeten,
Wessel van der Veen.

Ton Koek
15-11-2007, 18:55
Als ik het goed begrijp zouden dan bij bv pastel en ino die twee enkele alelen wel op dezelfde locus moet zitten om invloed te kunnen hebben op groen.

Het wordt steeds wat duidelijker maar het blijft lastig "er in te komen".

wessellouw
16-11-2007, 10:34
Hallo Ton:

Omdat de chromosomen paarsgewijs voorkomen zijn er twee loci.
Op één locus pastel, op het andere ino geeft PastelIno.

Heel simpel gevisualiseerd en we nemen aan dat ino en de afgeleiden op chromosomen paar "a" zitten:

aaaa pastel aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaa ino aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa

(Wetenschappelijk niet helemaal juist, de twee strengen van een paar liggen eigenlijk in tegenovergestelde richting.)

Wessel van der Veen

wessellouw
16-11-2007, 11:46
Hallo Lester:

>>Op dat moment is omzichtigheid geboden bij het hanteren van spreektaal en de daarbij gebruikte vakterminologie. Want voor je het weet is kakofonie troef. Waar de liefhebberij in de eerste plaats nood aan heeft, is éénvormigheid in spreken en communiceren.>>

U bevestigt zonder het u zelf te realiseren precies wat ik zeg.

Juist om kakofonie te vermijden is het gebruik van wetenschappelijke termen een vereiste, hoewel die in tegenspraak kunnen lijken te zijn met wat aanzien wordt als spreektaal.
Het is immers juist de spreektaal die niet exact is. Haast elke streek heeft een eigen spreektaal of dialect.
Een Nederlander weet niet wat een "kallevienke" is; kent geen "lochtienk";
een Belg kent geen "pieremechoggel" en geen "dreif seissie", geen van tweeën kennen een "platte zeuge".
(Even schoolmeesteren en in volgorde: Westvlaamse spreektaal: een appelsoort; Oostvlaamse spreektaal: een tuin; Amsterdamse spreektaal: klein roeibootje, een eend; Zeeuwsvlaamse spreektaal: een harde schuurborstel).
Nog afgezien van het feit dat mijn spreektaal de uwe niet is en ook niet die van (NL) Jan, Piet en Klaas of (B) Pier en Pol.

Genetica daarentegen is een exacte wetenschap. Daar kan men geen spreektaal gebruiken, daar kent men begrippen als "de grootste helft" of "Mag het een beetje meer zijn" niet.

Dank zij het gebruik van spreektaal beweren mensen dat een vogel split kan zijn voor lutino; dat groen(parkieten) dominant is, dat een blauw-groene kleur blauw genoemd wordt, enzovoort enzovoort.

Maar lutino is een phenotype; ino is de mutatie.
De combinatie van groen en ino levert lutino op; die van blauw en ino albino.
Groen (of een andere wildkleur) is geen dominant gen, het is zelfs geen gen: groen is alles wat niet gemuteerd is.
..................groen......................
D..................D*+
...................Z*ino+............Z*ino

(D - donkerfactor; Z ino - SL ino; *+ niet gemuteerd. Een gen kan niet op een autosomaal én op een geslachtschromosoom liggen. Er is dus geen "groen gen" en het is ook niet dominant.)

In het verleden en helaas vandaag nog werd en wordt er in de populaire pers teveel spreektaal misbruikt.

Direct de juiste termen leren is véél minder werk dan eerst "spreektaal terminologie" te gebruiken; die vervolgens leren te vergeten en dan alsnog de juiste termen aan moeten leren.

Groeten,
Wessel van der Veen.

Lester Lievens
16-11-2007, 13:55
Hallo Lester:
...
Het is immers juist de spreektaal die niet exact is....

Wessel
Goed om te horen dat we toch al op de zelfde golflengte zitten.
Toch even checken :
Wat vind jij bijvoorbeeld van deze vaak gepububliceerde stelling omtrent gouldamadines :


De pastelfactor vererft co-dominant ten overstaan van de wildvorm.

Is dit volgens jou

1. fout ?
of
2. correct ?

Ben benieuwd.

wessellouw
16-11-2007, 15:00
Hallo Lester.


Een (1) factor kan nooit co-dominant zijn; twee alleles van een factor kunnen dat wel.
Coöpereren betekent nog altijd samenwerkend. En samenwerken met jezelf kan alleen in spreektaal :).

Pastel is dus zeker niet co-dominant.

De factor zou bijvoorbeeld wel SL incompleet dominant kunnen zijn, zodat de EF man en de pop een bepaald fenotype hebben en de DF man een verschillend

Groeten,
Wessel van der Ceen.

wessellouw
16-11-2007, 17:37
Sorry Lester:


Een kardinale fout << SL Intermediair in jouw boekje.>>
Dat is een term uit UW hoek.

Ik heb gebruikt "SL incompleet dominant".
Zie het door u aangehaalde citaat.

Het feit dat er verschillen zijn tussen EF of DF vogels ligt aan de variabiliteit van de pastel factor en niet aan de manier van vererven.

Om even bij "mijn" vogels te blijven: het is aartsmoeilijk om een perfecte pastel Agapornis op een TT te brengen. Perfect in de zin van de ideale 50 % melanine reductie en dan nog zo egaal mogelijk van kleur.
Iedereen die ooit pastel gekweekt heet, weet dat de reductie in werkelijkheid schommelt tussen 30 en 70 % (indicatieve percentages) met bij de lichtere vormen 60-70 % reductie vaak donkere vlekken veroorzaakt door plaatselijk een veel geringere reductie. In hetzelfde nest met 5 eieren van dezelfde ouders kunnen we vogels aantreffen met 30, 40, 50, 60 en 70 % reductie.

Conclusie: "intermediaire vererving" slaat als een tang op een varken en is niet gefundeerde kretologie.

Groeten,
Wessel van der Veen.

Lester Lievens
16-11-2007, 21:33
Ik heb gebruikt "SL incompleet dominant".
Zie het door u aangehaalde citaat.

Het feit dat er verschillen zijn tussen EF of DF vogels ligt aan de variabiliteit van de pastel factor en niet aan de manier van vererven.

Uiteraard was dat al langer duidelijk.


Om even bij "mijn" vogels te blijven: het is aartsmoeilijk om een perfecte pastel Agapornis op een TT te brengen. Perfect in de zin van de ideale 50 % melanine reductie en dan nog zo egaal mogelijk van kleur.
Iedereen die ooit pastel gekweekt heet, weet dat de reductie in werkelijkheid schommelt tussen 30 en 70 % (indicatieve percentages) met bij de lichtere vormen 60-70 % reductie vaak donkere vlekken veroorzaakt door plaatselijk een veel geringere reductie. In hetzelfde nest met 5 eieren van dezelfde ouders kunnen we vogels aantreffen met 30, 40, 50, 60 en 70 % reductie.

Uiteraard is dat niet enkel bij agaporniden zo. Duidelijk. Hoewel verschillen van 30 naar respectievelijk 70% in hetzelfde pastelnest niet bij alle vogelsoorten dagelijkse kost zijn.

Even duidelijk blijft dat wanneer je aan taal gaat knutselen vanuit "vakjargon", dat er vaker scheefgetrokken eindproducten overschieten, zoals in de eerder opgegeven voorbeelden.

Hetgeen weliswaar wel onduidelijk blijft, is hoe je op basis van je bovenstaande uitspraken vlotjes tot je geformuleerde conclusie komt over de term "intermediaire" of "tussenliggende" fenotypes.

Als afsluiter :

"intermediaire vererving" slaat als een tang op een varken en is niet gefundeerde kretologie.
Waar heb je gezien dat ik het heb over zoiets als ?"intermediaire vererving"? Slechts 2 types van erfelijke overdracht werden duidelijk gescheiden gedefinieerd. Bij twijfel, grijp terug naar de basis voor dit topic, en stel vast wat er staat, waar ik het over erfelijke/genetische overdracht heb :


Er zijn slechts twee wijzen van overdracht , twee manieren dus waarop kleuren vererven, waarbij voor elk van die twee verervingswijzen telkens ook drie mogelijke uitingspatronen gelden .
De twee verervingswijzen zijn :

1. de GESLACHTSGEBONDEN VERERVING, via geslachtschromosomen
2. de ONAFHANKELIJKE OF AUTOSOMALE VERERVING, via autosomen

Zowel de geslachtsgebonden als de autosomale vererving kan zich uiten in drie patronen, drie graden :

1. In het eerste geval is het gemuteerde allele zwakker dan het wildallele, en spreekt men van recessieve types of uitingsvormen.
2. In het tweede geval is het gemuteerde allele sterker dan het wildallele, en spreekt men van dominante types of uitingsvormen.
3. In het derde geval is het gemuteerde allele gelijk aan het wildallele, en spreekt men van intermediaire types of uitingsvormen.
.....


En tevens evenzeer belangrijk natuurlijk : Om vervolgens vlot verder te kunnen praten dient men dan enkel nog de verervingshiërarchie van de meervoudige allelomorfe vormen te kennen. Zoals tevens reeds eerder gezegd.

Meer is er niet aan.
Meer hoeft er ook niet van gemaakt te worden.

wessellouw
17-11-2007, 13:06
Hallo Lester.

Uw opsomming is helaas incompleet en onjuist.

Hier zitten de denkfoutjes:
>>
1. In het eerste geval is het gemuteerde allele zwakker dan het wildallele, en spreekt men van recessieve types of uitingsvormen.
2. In het tweede geval is het gemuteerde allele sterker dan het wildallele, en spreekt men van dominante types of uitingsvormen.
3. In het derde geval is het gemuteerde allele gelijk aan het wildallele, en spreekt men van intermediaire types of uitingsvormen.
>>

Bij 1, 2 en 3: Een volledige kleur mutatie bestaat niet uit &#233;&#233;n (1) maar altijd uit twee (2) alleles.
We hebben het niet over types of uitingsvormen maar over manieren van vererving.
U verwart of verwisselt het resultaat van een actie met de actie op zich.
Bij "groen-D groen-D D groen" is D groen inderdaad een intermediair fenotype, maar dat D groen werd veroorzaakt door een incompleet dominante vererving.

Ter verduidelijking:
P is het genetische symbool voor dominant bont (pied)
Als &#233;&#233;n of beide dominante alleles de wildkleur in dezelfde mate beinvloeden spreekt men van “dominante vererving”.
P / P*+ geeft exact hetzelfde fenotype als P / P. **

D is het genetische symbool voor de donker factor.
Als &#233;&#233;n dominant allele de wildkleur slechts gedeeltelijk beinvloedt, maar 2 dominante alleles dat in sterkere mate doen spreekt men van “incompleet dominante vererving”.
D / D*+ veroorzaakt een ander fenotype dan D/D.

bl is het symbool voor blauw.
Als &#233;&#233;n gemuteerd allele de wildkleur niet beinvloedt en twee gemuteerde alleles w&#233;l spreekt men van "recessieve vererving".
bl*+ / bl is een groen fenotype,weliswaar split blauw maar uiterlijk groen.
bl / bl is blauw, een recessieve mutant.

In het geval van een fenotype veroorzaakt door twee alleles van eenzelfde gen spreekt men over “co-dominantie”. (PallisIno, AquaTurquoise)

De opsomming moet dus worden:

Geslachtsgebonden dominant (bestaat nog niet)
Geslachtsgebonden incompleet dominant (pastel bij Goulds)
Geslachtsgebonden recessief (cinnamon bij parkieten)

Autosomaal dominant (dominant bont)
Autosomaal incompleet dominant (donker factor)
Autosomaal recessief. (blauw)

Een term als “Intermediaire vererving” komt dus helaas uit de fabeltjeskrant een moet aanzien worden als een fantasietje.

* * Een wildallele wordt altijd aangegeven met een “ + “ in superscript. Bij P*+ , D*+ of bl*+ is “ *+ “ een simulatie is van dat superscript.

Wessel van der Veen.

Lester Lievens
18-11-2007, 14:02
Wessel
Wat je technisch inzicht betreft zit je goed, ook al blijft het gebruik van symbolen steeds afhankelijk van algemene aanvaarding. Wat op vandaag nog niet het geval is. (Hetgeen idealerwijze wel beter zo zou zijn)

Op taalkundig vlak hou je vast aan scheefgetrokken taaltermen, of ze nu zwart op wit in &#233;&#233;n of ander lexicon staan gedrukt of niet, het blijft incorrect en een mogelijke bron van verwarring in communicatie.
Hetzelfde geldt voor knutselwerkjes als “semi-dominant”, “mineur-dominant”, maar even goed dus ook voor “incompleet dominant”. Een entiteit is ofwel dominant, of niet. Zit het er ergens tussenin -en is het dus minder dan overheersend/dominant- dan is er van dominantie op semantisch vlak geen sprake. En is de term "dominant" in dat geval en die context op zijn minst redundant.

wessellouw
19-11-2007, 13:31
Hallo Lester:

Ik heb geen zin in een eindeloze discussie met iemand die niet WIL begrijpen.
Sta mij een citaat toe:
“Wat baten kaars en bril
als Lester niet zien en wil.”

Breedsprakigheid en het gebruik van woorden die buiten het idioom van de meeste mensen liggen is niet van gedachten wisselen, maar wordt hier gebruikt als een manier de eigen onkunde over bepaalde onderwerpen te maskeren.

Er is een groot verschil tussen semantiek en semasiologie (leer van de woordbetekenis of van de betekeniswijziging der woorden).

Alleen maar zwart wit willen zien lijkt me een tikje kortzichtig.
Tenzij grijs natuurlijk gelijk is aan donker wit of als licht zwart.

Voor mij is dit onderwerp afgesloten.

Groeten,
Wessel van der Veen.

Daniel
19-11-2007, 14:27
Kan je misschien wat leesvoer aanraden? Voor een completer beeld.

wessellouw
19-11-2007, 17:16
Hallo Daniel:

Ik ben hoofdzakelijk thuis in het parkietenwereldje.

Mocht dat ook uw straatje zijn &#233;n bent u het engels machtig, dan is "A guide to colour mutations and genetics in Parrots" een goede introductie in het hoe en waarom van kleurmutaties.
Terry Martin gebruikt wel een verouderde genetische schrijfwijze en sommige kleurnamen die hij toen nog gebruikte gebruikt hij vandaag de dag niet meer.
ISBN 0 9577024 6 9 (paperback)
ISBN 0 9577024 7 7 (hardback)

Het (nederlandse) boek van Beckmann "Handleiding voor de grasparkieten kweker" geeft een goede basis van het door ons sinds de jaren 1960 gebruikte systeem.
Uitgeverij Thieme, Zutphen, mij geen ISBN nr bekend.

Ten slotte het boek van Dirk Vanden Abeele: Agaporniden: handboek en naslaggids".
ISBN 90-5821-253-x (?)

Het volmaakte boek is nog niet geschreven: in elk van de drie genoemde boeken staan wel foutjes of vergissingen, maar dat lost zichzelf wel op oor meer dan &#233;&#233;n boek te lezen.
Zelfs als iemand vandaag een boek schrijft zijn er bij de uitgave daarvan over een jaar al weer nieuwe mutaties ontstaan en genetische ontdekkingen gedaan.

Groeten,
Wessel van der Veen.

Lester Lievens
20-11-2007, 20:00
Wel Wessel da’s alweer een mondvol. Je laatste lijn en laatste conclusie uit de reeks is wellicht de meest wijze.

Voor mij is dit onderwerp afgesloten.
Opschorting verleent waarschijnlijk tijd en gelegenheid. En tijd brengt uiteindelijk altijd raad. Voor elk.
Wellicht baat het om eens het gezelschap van enkele germanisten op te zoeken. Dat heb ik al vaker gedaan. Al bij al ook niet zo moeilijk want hier thuis loopt er één rond. Wat ik –van kleinsaf aan tot nu- gestadig langzaam aan begrepen heb, leert me het volgende.

(synthese met hulp in de rug)
Hetgeen gebeurt bij taalschepping (het creëren van nieuwe woorden of woordensamenstellingen, -als bvb semi-dominant, incompleet dominant, en andere-), verschilt eigenlijk niet veel van wat er bij taallering of taalverwerving gebeurt : daarbij verkeren de taalgebruikers voortdurend in expressieve nood, weten ze niet hoe ze iets (nieuws) moeten benoemen. In die nood grijpen ze naar de analogie of trachten ze de betekenissen van hun woorden uit te breiden (bvb van "dominant" naar "semi-dominant", "incompleet dominant",...)

Essentieel hierbij is dat –uitzonderingen daar gelaten- geen enkele spreker aanvankelijk ooit bedoeld heeft een nieuw betekenisverschil in te voeren teneinde het eventuele risico op onverstaanbaarheid te verhogen. Integendeel.
Uitgangspunten hierbij zijn :
1. Wanneer iemand een nieuw woord of woordencombinatie maakt, gebeurt dat niet met de intentie om het beschikbare woordenvolume zomaar uit te breiden, maar wel om zich zo goed mogelijk verstaanbaar te maken.
2. Het allereerste criterium dat bij dit proces alle andere overwegingen overstemt, is éénvoudigweg “het vermijden van misverstanden tijdens communicatie”, vanzelfsprekend tussen sprekers die de woordenschat in kwestie beheersen.
3. Nieuwe termen die daarbij de verstaanbaarheid tussen sprekers binnen een bepaald taalgebied belasten, verdwijnen spontaan na verloop van tijd. In vak- of andere jargontaal, zowel als in algemene spreektaal. Dat weten trouwens allen die beschikken over inzichten in de semasiologie (studie van de ontwikkeling van woordbetekenissen en woordveranderingen).

Henk69
05-03-2009, 12:29
Hallo Ton:

Omdat de chromosomen paarsgewijs voorkomen zijn er twee loci.
Op één locus pastel, op het andere ino geeft PastelIno.

Heel simpel gevisualiseerd en we nemen aan dat ino en de afgeleiden op chromosomen paar "a" zitten:

aaaa pastel aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaa ino aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa

(Wetenschappelijk niet helemaal juist, de twee strengen van een paar liggen eigenlijk in tegenovergestelde richting.)

Wessel van der Veen

Hoi Wessel,

Je gaat hier even de mist in. ;)
Een chromosoompaar bestaat uit 2 chromosomen elk bestaande uit dubbelstrengs DNA. Een los chromosoom is dus dubbelstrengs DNA.
Deze enkelstrengen liggen inderdaad in tegenovergestelde richting tegen elkaar geplakt:
5'======3'
3'======5'

Alleen op het moment dat er crossing over plaatsvind liggen de 2 chromosomen "naast" elkaar. Maar wel in de zelfde orientatie.

5'==pastel=========3'
3'==pastel=========5'

5'==ino===========3'
3'==ino===========5'

Wat de verdere discussie betreft:
Het zijn biologie termen geen semantische... ;)

http://en.wikipedia.org/wiki/Incomplete_dominance#Incomplete_dominance